Program S2 Informatika UAJY berdiri pada tahun 2003 dengan nama saat itu Magister Teknik Informatika, di bawah Program Pascasarjana UAJY berdasarkan SK Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Budaya No. 924/D/T/2003. Pendirian program magister Teknik Informatika tersebut merupakan jawaban Universitas terhadap tren perkembangan teknologi Informasi, terutama terkait kebutuhan akan sumber daya manusia pada level manajerial dan dosen. Pada tanggal 27 September 2019, Magister Teknik Informatika telah berubah nama menjadi program studi Informatika pada jenjang S2 (S2 Informatika) berdasarkan SK penyelenggaraan dengan nomor 876/KPT/I/2019. Selanjutnya S2 Informatika berpindah naungan dari sebelumnya program Pascasarjana, menjadi di bawah naungan departemen Informatika, Fakultas Teknologi Industri. Berdasarkan eSurat Keputusan Direktur Dewan Eksekutif BAN-PT No. 609/SK/BAN-PT/Ak-PPJ/M/I/2022, Program Studi S2 Informatika Universitas Atma Jaya Yogyakarta saat ini terakreditas B sampai dengan januari 2027.