Program Studi Magister Teknik Industri Universitas Atma Jaya Yogyakarta dirancang dapat diselesaikan dalam kurun waktu 4 semester, namun sangat dimungkinkan untuk diselesaikan dalam 3 semester. Kuliah dilaksanakan Senin-Jumat di antara pukul 16.00 – 21.00 WIB, kecuali bagi kuliah pengganti dan atau kuliah umum praktisi.