Program Studi Magister Teknik Industri Universitas Atma Jaya Yogyakarta dirancang dapat diselesaikan dalam kurun waktu 4 semester, namun sangat dimungkinkan untuk diselesaikan dalam 3 semester. Kuliah dilaksanakan Senin-Jumat di antara pukul 16.00 – 21.00 WIB, kecuali bagi kuliah pengganti dana atau kuliah umum praktisi.
Matrikulasi
Program Studi Magister Teknik Industri terbuka bagi calon mahasiswa yang berijazah minimal sarjana S-1, D4, atau bachelor dari perguruan tinggi luar negeri yang disetarakan oleh Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset dan Teknologi RI dari bidang disiplin Teknik Industri.
Matrikulasi wajib dilaksanakan bagi mahasiswa yang dipandang memerlukan update wawasan keteknikindustrian. Pelaksanaan matrikulasi dilakukan sebelum perkuliahan regular dilaksanakan.
Kurikulum dan Konsentrasi
Kurikulum
Kurikulum Program Studi Magister Teknik Industri UAJY terdiri dari 36 SKS dengan rincian sebagai berikut:
Semester 1
| No | Mata Kuliah | SKS |
| 1. | Statistik dan Analisis Multivariat (Statistics and Multivarate Analysis) | 3 |
| 2. | Pemodelan Sistem dan Penelitian Operational (System Modeling and Operations Research) | 3 |
| 3. | Data Mining dan Business Intelligence (Data Mining and Business Intelligence) | 3 |
| 4. | Rekayasa Rantai Pasok (Suppply Chain Engineering) | 3 |
Semester 2
| No | Mata Kuliah | SKS |
| 1. | Rekayasa Nilai (Value Engineering) | 3 |
| 2. | Pengukuran dan Manajemen Kinerja (Performance Measurement and Management) | 3 |
| 3. | Manajemen Proyek (Project Management) | 3 |
| 4. | Metodologi Penelitian (Research Methodology) | 3 |
Semester 3
| No | Mata Kuliah | SKS |
| 1. | Mata Kuliah Pilihan 1 (Elective Course 1) | 3 |
| 2. | Mata Kuliah Pilihan 2 (Elective Course 2) | 3 |
Semester 4
| No | Mata Kuliah | SKS |
| 1. | Tesis (Thesis) | 6 |
Mata Kuliah Pilihan
Mata kuliah pilihan yang ditawarkan dengan bobot setiap mata kuliah adalah 3 SKS. Mata kuliah tersebut adalah:
1. Kecerdasan Buatan (Artificial Intelligence)
2. Metaheuristik (Metaheuristics)
3. Simulasi Sistem Industri (Industrial System Simulation)
4. Rekayasa dan Manajemen Kualitas (Quality Engineering and Management)
5. Aspek Manusia dalam Manajemen Resiko (Human Aspects in Risks Management)
6. Human Resource Analytics (Human Resource Analytics)
Konsentrasi
Konsentrasi saat ini yang ditawarkan pada Program Studi Magister Teknik Industri adalah: Business Analytics